2026年9月から変わった「残業月45時間指導」の運用見直し ― 労務担当者が押さえるべきポイント

2026年9月1日、労働基準監督署による時間外労働への監督指導について、大きな運用の見直しが行われました。報道などでは「残業規制の緩和」といった表現も見られますが、これは正確な理解とは言えません。労働基準法そのものが改正されたわけではなく、あくまで「監督署による指導のやり方」が変わった、という位置づけです。

とはいえ、企業の労務管理実務に与える影響は決して小さくありません。本記事では、今回の見直しの中身と、企業として押さえておくべき実務対応をわかりやすく整理します。

何が変わったのか ― 見直しの概要

これまで労働基準監督署では、特別条項付き36協定（サブロク協定）を締結している事業場に対しても、時間外・休日労働の時間数のみに着目して、一律に「月45時間以内に削減しましょう」と指導する運用が行われてきました。

36協定とは、労働基準法第36条に基づき、法定労働時間（1日8時間・週40時間）を超えて働かせる場合に、労使で締結し労働基準監督署へ届け出る協定のことです。「特別条項」は、繁忙期など臨時的な事情がある場合に、通常の上限（月45時間・年360時間）を超えた残業を可能にする仕組みです。

今回の見直しでは、この一律的な「45時間ライン」での指導を改め、以下のような方針に転換されました。

36協定で定めた「健康及び福祉を確保するための措置」の実施状況を重点的に確認する
その実施状況に応じて、事業場ごとの実態に即した指導を行う
過重労働による健康障害の恐れが高いケースでは、引き続き必要な指導を実施する

つまり、「時間数だけを見る」指導から、「時間数＋健康確保の実態」を総合的に見る指導へと軸足が移った、ということです。

誤解してはいけない「上限規制」との違い

ここが今回の見直しで最も重要なポイントです。

労働基準法に定められている時間外労働の上限規制そのものは、一切変更されていません。以下のルールは引き続き有効です。

原則の上限：月45時間・年360時間
特別条項を用いる場合でも
- 年720時間以内
- 単月100時間未満（休日労働含む）
- 複数月平均80時間以内（休日労働含む）
- 月45時間超は年6回まで

これらに違反した場合、6か月以下の懲役または30万円以下の罰金という罰則付きの規制であることに変わりはありません。「45時間指導が緩和されたから、45時間を超えても問題ない」という理解は完全な誤りですので、社内で情報が独り歩きしないよう注意が必要です。

見直されたのは、あくまで「45時間を超えたら即指導」という運用実務上の一律対応であり、法的な上限のラインが動いたわけではない、と整理してください。

なぜ運用が見直されたのか ― 背景を読み解く

背景には、以下のような課題認識があったと考えられます。

業種や事業場ごとの実情に合わない一律指導
建設業、運輸業、医師など、2024年4月から上限規制が適用された業種を含め、業務の性質上、繁忙期の残業が発生しやすい業種があります。時間数だけで機械的に指導すると、実態に即した改善につながりにくいケースがありました。
健康確保措置の実効性重視への転換
長時間労働の問題は、時間数そのものよりも「その働き方が労働者の健康を害するかどうか」が本質です。健康確保措置がしっかり機能していれば、時間数の削減指導だけを優先する必要はないという考え方です。
中小企業への支援強化とのセット
後述する「働き方改革推進支援センター」の相談窓口強化とセットで、指導一辺倒ではなく相談・支援を通じた自主的改善を促す方向にシフトしています。

「健康及び福祉を確保するための措置」とは

36協定の特別条項を締結する際、様式第9号の2において以下のような措置から選択して定めることになっています。今回の見直しにより、これらの実施状況が監督指導の重点確認事項となります。

代表的な措置は次のとおりです。

医師による面接指導の実施
深夜業（22時〜5時）の回数制限
勤務間インターバル制度の導入（終業から次の始業まで一定時間の休息を確保）
代償休日・特別な休暇の付与
健康診断の追加実施
心とからだの相談窓口の設置
配置転換
産業医等による助言・指導、保健指導

「協定書には書いてあるが、実際には運用していない」という状態が最もリスクの高い状態です。今後は、この実効性が監督指導の焦点になると考えておくべきでしょう。

労務担当者・経営者が今すべき実務対応

今回の運用見直しを踏まえ、企業として取り組むべき実務対応を整理します。

1. 36協定・特別条項の内容を再点検する

特別条項で選択した健康福祉確保措置が、現在の実態に合っているか確認する
形骸化している措置があれば、実施可能な内容に見直す
労働者代表への説明や周知が適切に行われているか確認する

2. 健康確保措置の「実施記録」を残す

監督署の確認が「実施状況」に向かう以上、記録の有無が極めて重要になります。

面接指導の実施日、対象者、産業医の意見
インターバル時間の確保状況（勤怠システムでの管理）
代償休日の付与実績
健康診断や相談窓口の利用状況

これらを台帳等で管理し、監督署の臨検（立入調査）に備えられる状態にしておきましょう。

3. 労働時間の適正把握を徹底する

見直しがあっても、労働時間の客観的な把握義務（労働安全衛生法第66条の8の3）は不変です。タイムカード、PCログ、ICカード等の客観的記録によって、始業・終業時刻を1分単位で管理することが求められます。

4. 過重労働者への面接指導を確実に行う

時間外・休日労働が月80時間を超え、かつ本人の申出があった場合の医師による面接指導は、法律上の義務です。今回の見直しで健康確保措置の重要性がむしろ高まっていることを踏まえ、対象者の抽出・通知・面接実施のフローを再確認しましょう。

5. 社内周知で「誤解」を防ぐ

現場の管理職や従業員に「もう45時間を超えても大丈夫」といった誤解が広がると、コンプライアンス上の重大リスクとなります。上限規制自体は変わっていないことを、社内報や研修等で明確に伝えることが重要です。

相談・支援体制の充実も同時にスタート

今回の見直しと合わせて、全国の「働き方改革推進支援センター」に、36協定や特別条項の締結・活用を支援する専門相談窓口が設置されました。労働基準監督署と連携したアウトリーチ型（訪問型）の支援も強化されています。

特に中小企業では、就業規則や36協定の作成・見直しに関する具体的な相談を無料で行うことができますので、自社の体制に不安がある場合は積極的に活用することをおすすめします。

まとめ

2026年9月の運用見直しは、「規制緩和」ではなく、「時間数一律から、健康確保の実態重視へ」という指導方針の転換です。労務担当者・経営者として押さえるべきポイントは次の3点に集約されます。

労働基準法上の上限規制（月45時間・年720時間等）は従来どおり有効
監督指導は健康福祉確保措置の実施状況に重点シフト
企業側は、協定内容の見直し・実施記録の整備・社内周知を早急に進める

「時間数のラインを守っていればよい」時代から、「時間管理と健康管理の両輪で説明できるか」が問われる時代に入りました。この機会に、自社の労働時間管理体制を総点検されることをおすすめします。